控根器不同于其他容器，特点之一便是四周布满小孔。而这也给我们的浇水工作带来许多负面影响。水刚一进控根器，便从上面的小孔里流出来，表面是湿的，下面很大一段都是干的，也就是我们常说的半截水。要解决这一问题，首先要从营养土的配制抓起。用来装控根器的营养土一定要是两种或两种以上的基质，按一定比例配制而成的透气性和透水性都非常好的混合物。这样既有利于根系生长，又有利于吸收水肥。
其次，用控根器栽种植株时，一定要留5厘米至10厘米的水堰，四周高，中间低。这一点很容易被忽略。如不特别交待，工人们往往和装一般容器一样，沿口留一点空就好，不知道四周垒高一点，做成类似露地栽种时的水堰。
后要强调的是，浇水时一定要小水慢浇，直至水从控根器的底部自然渗出，才算浇透。
2、控根器的正反面问题
控根器有正反面吗？回答是肯定的。要知道控根器的正反面，先得了解一下其构造和它的控根原理。早的控根器是由底盘、侧壁和扣杆三个部件组成。后来为组装方便和节约成本，扣杆改成了塑料螺丝钉。但由于塑料螺丝钉容易脱落，致使整个容器解体，新见到的缝合材料是U型螺丝钉。但也有工人反映使用起来不是很方便，可能还有待改进。
控根器之所以能够控根，是因为侧壁的独特设计。控根器的侧壁是凹凸相间的双面立体形状，一面外侧高级有小孔。此结构既扩大了侧壁表面积，又为侧根“气剪”(空气修剪)提供了条件。所谓空气修剪，即当苗木根系向外和向下生长，接触到空气(小孔)时，根尖就停止生长。前面说过，控根器不仅要控根，还要促发新根。所以只有当高级有小孔的一面朝外的时候，受外界光与热的影响“气剪”后的根系，才会萌发须根转而向内壁分布。相反，假如内壁是有孔的一面，不但不能形成“气剪”效果，而且根系不会向封闭的外壁伸展。日后栽种的时候，解开控根器仍然是一个松散的结构，同样影响成活率。一句话，控根器是有正反面的，高级有小孔的一面朝外，另一面朝内。
3、控根器的运输问题
这里要说的运输问题，是指在苗圃起苗装车过程中的几个细节。要注意的就是要保护好控根器的完整性。要知道，控根器是一种组合容器，一旦解体，很难重新包装。所以在移动之前，一定要检查控根器的完整性，用麻袋或绳索包扎好才移动。其次在装车过程中，尽量不要叠加，如果一定要叠加，中间用挡板做好保护工作，避免把下层控根器压垮。